上一部结尾,尼奥(基奴李维斯 饰)终于意识到自己的能力和使命,中弹复活后,变成了无所不能的“救世主”,他和女友崔妮蒂(凯莉·安·摩丝 饰),舰长墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 饰)回到了人类的基地锡安,受到人们的热烈欢迎。 此时,“母体”决定先下手为强,派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地;墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”,寻找“制钥者”,准备从内部破坏;而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题,脱离了“母体”的控制,拥有可怕的复制能力,阻碍尼奥他们的行动。
在未来,地球上所有的化石能源都被消耗殆尽,人类全面进入了太阳能时代。能源公司开始全面的开发和控制太阳,人类社会逐渐向完全依赖太阳能Ⅱ型文明迈进。 但在一次人类科学无法探明的天体活动中,太阳突然消失了。整个世界陷入了黑暗的无政府状态,大面积抢夺生存资源的恶性事件在城市不断发生,富人乘坐宇宙飞船逃离到其他星球,普通人只能留在地球享受世界末日。社恐障碍的天文学自由撰稿人孙炀与素未谋面的废柴邻居陈暮被迫结伴共同踏上末日逃亡之旅,前往传说中人类最后的庇护之所——第四区。一路上他们与形形色色的人匆匆相遇,见到了最残酷的人性与最温情的告别。在无数次的死里逃生之后,两颗寂寞的心开始慢慢靠近,并在残酷的灾难面前逐渐发现了生命的意义……
讲述了地球上发现的一艘被遗忘的古飞船。侦查员将她运送到月球上,她遇到了令人印象深刻的机器,保存着那消失了很久的文明的智慧。